در راستای سیاست گذاری‌های کشور در جهت ارتقا کمی و کیفی تحقیقات بالینی در بیمارستان‌ها با هدف ایجاد تصمیم‌گیری مبتنی بر شواهد در اتخاذ شیوه‌‌های درمانی، مرکز تحقیقات بالینی بیمارستان بعثت از سال ۱۳۸۵ با سرپرستی آقای دکتر رضوان شروع به فعالیت نمود. با آغاز به کار این مرکز جلسات شورای پژوهشی با هدف طرح و بررسی پروپوزال های ارائه شده به واحد تحقیقات بیمارستان و همچنین بررسی راهکارهای بهبود کمی و کیفی تحقیقات بالینی در مرکز و افزایش سطح مشارکت پزشکان شاغل در مرکز در حیطه تحقیقات بالینی برگزار گردید.در این مدت این مرکز موفق شد با جلب همکاری اعضاء محترم هیات علمی و داشتن بسترهای مناسب در زمینه تحقیقات و تشکیل شورای پژوهشی متشکل از اساتید محترم هیات علمی و مسئولین بیمارستان، پزشکان عمومی شاغل در مرکز گام‌های موثری را در جهت فعالیت‌های پژوهشی بردارد .

این واحد به مساحت 140 متر مربع در طبقه اول بیمارستان کنار بخش‌های NICU و بخش جراحی قرار گرفته است و شامل سالن برگزاری جلسات، اتاق مشاوره، تعداد 12 سیستم کامپیوتری، 2 پرینتر، 2 اسکنر و سیستم دیتا می‌باشد.

در ادامه سرپرستی مرکز به شرح زیر تاکنون ادامه یافته است:

 آقای دکتر مبین از سال ۱۳۸۶-۱۳۸۷

 خانم دکتر اقبالیان از سال ۱۳۸۷-۱۳۹۱

 خانم دکتر هاشمیان از سال ۱۳۹۱-۱۳۹۳

 آقای دکتر جمالپور از سال ۱۳۹۷ - ۱۳۹۳

 آقای دکتر جلیلی سال ۱۳۹۷

 آقای دکتر سلیمی از تاریخ ۱۳۹۷ تا ۱۴۰۰

 آقای دکتر جلیلی سال۱۴۰۰